ペダルを踏む際、親指の付け根を当てても指が反ってしまう場合、スリッパや靴を履いて練習するのは有効ですか？

ペダルを踏む際に指を反らせてしまうのは、指を曲げる力と伸ばす力を同時に使うことで、ペダルのスプリングの力に負けないようにするためです。
そのように、足の指先に力が入ってしまうと全身に力が入り、マイナスの要素が強くなりますので、指を反らさなければ踏めないような状況は作らないほうが良いと言えます。
また、裸足で練習を行ったとしても、本番では靴を履きますので、裸足で練習を重ねる理由が見出しにくくなります。
以上の点から、ご自宅の環境であっても靴を履いて練習するのが遠回りにならないかと思います。なお、スリッパはズレますので余分な力みを生みがちです。足の甲と踵があるものが理想です。